Пациенты республиканских стационаров государственных учреждений здравоохранения и граждане, которым оказывается скорая и специализированная медпомощь, бесплатно обеспечиваются необходимыми лекарствами в рамках Территориальной программы государственных гарантий оказания гражданам России бесплатной медицинской помощи. Как заявила начальник отдела организации лекарственного обеспечения Елена Порваль, основная задача министерства - это соблюдение принципов рациональной фармакотерапии, позволяющей оказывать качественную медицинскую помощь в условиях ограниченных бюджетов. С этой целью медицинскими организациями создаются формуляры лекарственных препаратов, в республике развивается служба клинических фармакологов, ежегодно проводится анализ эффективности расходов.

Как показывают результаты мониторинга, который проводит карельский Минздрав, уровень розничных цен на лекарства, включенные в список жизненно необходимых и важнейших, по которым реализуются препараты из перечня в аптечных организациях республики (а таких в Карелии 632), на 16,6% ниже установленной предельной розничной цены. В 2012 году в Карелии рост розничных цен на лекарства составил 2,4%, оптовые цены выросли на 1,7%.

В регистр лиц, имеющих право на бесплатное лекарственное обеспечение, в настоящее время включены 41232 человека. Общие затраты на их бесплатное лекарственное обеспечение составляют 525,6 млн. рублей, финансирование осуществляется из федерального и республиканского бюджетов.