Периодически в реках на территории республики проводится расчистка и углубление дна для того чтобы увеличить пропускную способность русла рек, предотвратить возможные заторы и подъем уровня воды. На 2014-2016 годы такие работы запланированы на реке Шуя в поселке Соддер Пряжинского района, в поселке Шуя, деревнях Нижний Бесовец и Верховье Прионежского района, на реке Пуэта в Кеми.

Беспокойство вызывает ситуация на реке Лососинка в Петрозаводске. Река обмелела, ее дно захламлено мусором, и в прошлом году специалистам МЧС пришлось проводить взрывы прямо в черте города. Не решены также хозяйственные вопросы с владельцем городских гидротехнических сооружений. Эту проблему необходимо решать в срочном порядке совместно с собственником и администрацией Петрозаводска.

В стране работают федеральные программы, в рамках которых выделяются немалые средства на очистку рек и озер, применяется современная техника. Помощь федерального бюджета во многом поможет упростить ситуацию и в Карелии, для этого необходимо определить первоочередные задачи. Глава республики Александр Худилайнен дал поручение подготовить обращение в Минприроды РФ, чтобы получить необходимое финансирование уже в 2015 году. Он также поручил Госкомитету по обеспечению жизнедеятельности и безопасности населения определить наиболее проблемные водные объекты для включения в республиканскую заявку.